Center for Genome Regulation

A FONDAP Center of Excellence

"Exploring the Genomic Landscape of Chile"

The CGR's COVID-19 response.


April 15th. The CGR has begun to collaborate with Chilean authorities by providing SARS-CoV2 genome sequencing of clinical samples. We are using Oxford Nanopore MinIon sequencers to generate the genomes of different isolates, collected from patients all over the country; the samples have been provided by the Instituto de Salud Pública, of the Ministry of Health.


May 12th, 2020. We have now established collaborations with numerous academic labs across the country which will provide us with RNA samples collected from patients, for sequencing. We have generated a web-based platform for displaying the sequence information obtained: www.cov2.cl .This initiative is coordinated by the CoV2 Genome Consortium (CGC) and is carried out jointly with the Chilean Ministry of Science.

La respuesta del CRG a la pandemia COVID-19.

15 de abril, 2020. El CRG ha empezado una colaboración con las autoridades chilenas aportando con la secuenciación de los genomas del virus SARS-CoV2 a partir de muestras clínicas. Estamos usando los secuenciadores MinIon de Oxford Nanopore (los mismos usados en la experiencia de secuenciación escolar) para generar genomas completos de los aislados obtenidos de pacientes de todo el país. Las muestras han sido aportadas por el Instituto de Salud Pública, dependiente del Ministerio de Salud.  

12 de mayo, 2020. Hemos establecido colaboraciones con numerosos laboratorios académicos a través del país que nos proveerán de muestras de RNA viral obtenidas de pacientes, para su secuenciación. Hemos generado una plataforma web para hacer disponibles las secuencias y sus relaciones filogenéticas: www.cov2.cl . La iniciativa es llevada a cabo por el Consorcio Genomas CoV2 (CGC) y se coordina por el Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación de Chile.


El Director del CRG fue invitado a dar una charla en el contexto de los Coloquios de la Sociedad de Microbiología de Chile, el 25 de junio de 2020.


The CGR Director gave a seminar (in Spanish) on the CoV2 Genomes Consortium. Dr. Allende was invited to give this talk within the Microbiology Society's Colloquia, on June 25, 2020.

Un video corto que muestra a los investigadores del CRG realizando secuenciación de genomas del virus SARS-CoV-2 usando la tecnología Oxford Nanopore (mayo 2020).


A short video of the CGR Researchers as they sequence the SARS-CoV-2 genomes using Oxford Nanopore MinIons  (May 2020).

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